一、核心区别
（一）归口部门与政策定位不同
1.科技型中小企业：由科技部、财政部、国家税务总局联合制定政策（《科技型中小企业评价办法》），是指依托一定数量的科技人员从事科学技术研究开发活动，取得自主知识产权并将其转化为高新技术产品或服务，从而实现可持续发展的中小企业（不过由于国务院机构改革，从2024年以后，科技型中小企业的归口部门也属于工信部了）。
2.创新型中小企业：由工信部主导（《优质中小企业梯度培育管理暂行办法》），是指具有较高专业化水平、较强创新能力和发展潜力的企业，是优质中小企业的基础力量。属于“专精特新”企业的前置培育对象。
（二）评价指标体系不同
1.科技型中小企业
（1）三大指标：科技人员（占比评分）、研发投入（占收入或成本比例）、科技成果（知识产权数量），总分≥60分且科技人员得分≠0。
（2）直通车条件：高企资质（有效期内）、国家级科技奖（近五年内获得，排名前3名）、省部级研发机构、主导制定国际/国家/行业标准（近五年内）。
2.创新型中小企业
（1）三类指标：创新能力（知识产权、研发投入占比）、成长性（收入增长率、资产负债率）、专业化（主导产品领域、收入集中度），总分≥60分且创新能力≥20分、成长性与专业化均要≥15分。
（2）直通车条件：国家级/省级科技奖（近三年获得）、高企、国家级技术创新示范企业、国家知识产权示范/优势企业资质（有效期内）、省部级研发机构、股权融资≥500万元（近三年内，合格机构投资者的实缴额）。
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（三）政策支持方向不同
1. 科技型中小企业
（1）税收优惠: 研发费用加计扣除比例从75%提高至100%;
（2）科技金融支持（贷款贴息、风险补偿）：如广州市科技型中小企业信贷风险补偿资金池(单个企业最高可申请贷款提升至3000万元)，广州科技创新母基金为入库企业提供科技金融精准对接服务；
（3）品牌影响力提升：科技型中小企业是企业创新能力“认证”标志。成为科技型中小企业，可有效提升企业品牌形象，有利于企业人才招募、项目招投标、科技项目申报等工作。
（4）“以赛代评”政策文持：广州市对入围中国创新创业大赛全国总决赛的成长组企业，必须在推荐时已获得科技型中小企业的入库登记编号;对中国创新创业大赛(广东·广州)赛区的优胜企业，必须在取得科技型中小企业入库编号后，按所获奖项分别给予10-200万元奖励性后补助。
（5）科技金融普惠补助专题机助支持：符合条件的广州市科技型中小企业可申报广州市科技金融普惠补助专题获得补贴。其中，科技保险保费补贴最高30万元，股改补贴20万元，新三板签约补贴最高50万元，广东股权交易中心科技创新板挂牌科技企业上市挂牌)补贴5-10万元。
（6）广东省部分地区有奖补：①广州市南沙区：首次通过2万元奖补；②广州市荔湾区成功入库奖励2000元；③惠州市惠阳区首次获得的奖励2万元/家，非首次获得的奖励1万元/家；④惠州市仲恺高新区：对首次获得科技型中小企业入库登记编号的企业给予每家1万元奖励，对非首次获得的给予每家5000元奖励；⑤韶关市高新区：一次性给予奖励1万元；⑥河源市高新区：对通过科技型中小企业评价入库的企业，首次入库补助3万元，自第二次起入库补助1万元；⑦阳春市高新区，对年度内首次通过科技型或创新型中小企业认定的，给予5万元的一次性奖补；重新通过认定的，给予1万元奖补；⑧清远市高新区对成功入库的每家企业给予2000元的奖补。
2.创新型中小企业
作为申报专精特新中小企业的必备条件，创新型中小企业创新型中小企业是专精特新中小企业申报的前置项。申报认定为创新型中小企业，才能申报专精特新中小企业。
目前广东省有奖补的地区较少，比如阳春市高新区，对年度内首次通过科技型或创新型中小企业认定的，给予5万元的一次性奖补；重新通过认定的，给予1万元奖补。
（四）有效期与管理不同
1.科技型中小企业：认定编号仅当年有效，到申报当年的12月31日自动失效，需每年重新申报。
2.创新型中小企业：有效期三年，每年需要更新上一年度的数据，每次到期后由企业重新登录培育平台进行自评，经省级中小企业主管部门审核通过后，有效期延长三年。
二、相同点
（一）核心目标：均服务于国家创新驱动战略，推动中小企业通过技术创新提升竞争力。
（二）评价共性：
1.均设置“直通车”通道，满足特定条件可快速认定（如拥有高企资质、省部级研发机构）。
2.均设置“非直通车条件”，评分均需60分以上，才可通过。
3.均关注研发投入占比、知识产权数量等创新能力指标。
（三）合规要求：企业需符合注册地、人员/营收规模、无重大质量/环境违法记录等基础条件。